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天然水晶属于石英的一种结晶体矿物质，主要成分均为二氧化硅，是石英中因含有各种杂质颜色各异分类出的一种，虽然天然水晶属于石英中一种，但是他们的区别还是有的。
1、石英是一种物理性质和化学性质均十分稳定的矿产资源，晶体属三方晶系的氧化物矿物，即低温石英（α-石英），是石英族矿物中散布最广的一个矿物种。广义的石英还包含高温石英（β-石英）。石英块又名硅石，是出产石英砂(又称硅砂)的原料，也是石英耐火资料和烧制硅铁的原料。
（石英砂）
而天然水晶是一种无色透明的石英结晶体矿物。它的重要化学元素是二氧化硅，跟普通砂子是“同出娘胎”的一种物资。
①二氧化硅结晶完善时就是水晶
②二氧化硅胶化脱水后就是玛瑙
③二氧化硅含水的胶体凝固后就成为蛋白石
④二氧化硅晶粒小于几微米时，就组成玉髓、燧石、次生石英岩。
2、天然水晶最60%成份是sio2，水晶的颜色是由于除了sio2外，还含有各种不同微量的金属所造成的。 在自然环境里，水晶多数会与矿物方解石、黄铁矿、辉铁矿、各种颜色的云母片、碧茜、花岗岩、金红石等「共生」，而形成了一些疑幻似真的景像，即所谓「异像水晶」，增加了收藏水晶的乐趣和价值。
（绿幽灵）
水晶多数是在地底生长，生长的过程需要大量含有饱和的二氧化硅的地下水源，温度在550－600℃之间，并需要比大气压力大二倍至三倍的压力，经过了漫长的岁月，便变成了六角柱形的水晶。
而石英是一种受热或压力就容易变成液体状的矿物。也是相当常见的造岩矿物，在三大类岩石中皆有之。因为它在火成岩中结晶最晚，所以通常缺少完整晶面，多半填充在其他先结晶的造岩矿物中间。石英的成份是最简单的sio2，玻璃光泽，没有解理面，但具贝壳状断口。纯粹的石英是无色，但因常含有过渡元素的杂质而呈现不同的颜色。石英很稳定，不容易风化或变化为他种矿物。
3、石英石一般15个厚，水晶石只有12个厚，再就是水晶石树脂含量多，硬度差，看起来晶莹透明的效果，石英石里面或许有玻璃碎片但不会晶莹透明。石英石比水晶石更沉一些，石英石耐高温方面比水晶石强很多。水晶属于纯净的石英，因此石英也有同样的功效，只是只有有价值的宝石级的石英才称之为水晶，才有鉴赏和升值的空间。
