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透明宝石大多属于矿物类，而透明至不透明宝石多为岩石。有机宝石是由动物骨骼、分泌物或植物化石形成的宝石。
矿物
矿物宝石形成于地壳中，具有固定的化学成分和晶体形态，多数具有固定的晶体形状。例如，一颗化学成分为碳的钻石是八面体晶体;典型的六角形晶体的化学成分是二氧化硅，两者都是具有明显晶体形状的矿物。
岩石
岩石是许多矿物聚集在一起的组合，通常在一大片区域内。翡翠是一种岩石宝石。虽然其主要化学成分是硅酸铝钠，但它经常与其他矿物相伴，没有固定的晶体形态。此外，天青石也是一种典型的岩石宝石。除了天青石，它通常与其他矿物混合，如黄铁矿和方解石。
有机宝石:除前面的矿物和岩石以外的宝石，通常是骨骼、分泌物或有机物的化石有珊瑚、珍珠等动物;从植物中提取的蜂蜡和琥珀，以及龟甲和煤玉等也都是有机宝石。
就像人一样，宝石也有自己的特点，即使它们来自同一个家族。例如，两颗大小、颜色、切割相同的红色宝石不可能完全相同，鉴定人也可以通过它们的内含物发现它们的差异。因此，宝石包裹体在宝石鉴定中起着非常重要的作用。
